Для прекращения работы системы то же есть специальная функция. Эта функция прекращает работу конкретной системы.

ЗавершитьРаботуСистемы
Синтаксис:
ЗавершитьРаботуСистемы(<ФлагСохранения>)
Англоязычныйсиноним:
ExitSystem

Параметры:
<ФлагСохранения> Необязательный параметр. Флагзапроса сохранения открытых объектов. Если 0, то не запрашивается сохранениене записанных документов, элементов справочников и т. п. Если 1, то сохранениезапрашивается. Значение по умолчанию 1.
Описание:
Процедура ЗавершитьРаботуСистемы вызывает завершение работы системы.

Проверить ее работу очень легко. Привязать код к кнопке отчета.

Запустите конфигурацию, вызовите этот отчет и нажмите на кнопку. 1С выйдет из системы.